ลูกสุกรท้องเสียแต่ละระยะ มีสาเหตุไม่เหมือนกัน
ลูกสุกรแรกเกิด
สาเหตุแรกคือ การติดเชื้อ E.coli ซึ่งเชื้อแบคทีเรียชนิดนี้จะหลั่งสารพิษเข้าสู่กระแสเลือดของลูกสุกรและทำให้เสียสมดุลการแลกเปลี่ยนไอออนในร่างกาย เป็นผลให้เกิดอาการท้องเสียตามมา
สาเหตุที่สองคือ การติดเชื้อ Clostridium perfringens ซึ่งจะตามมาด้วยการติดเชื้อไวรัสหรือเชื้อ Coccidia หรือที่เรารู้จักกันในชื่อ เชื้อบิด เป็นผลทำให้ลำไส้ของลูกสุกรอักเสบ โดยเฉพาะเชื้อบิดจำเพิ่มจำนวนในเซลล์เยื่อบุลำไส้เล็กและทำลายเซลล์ที่ใช้ดูดซึมสารอาหาร จึงทำให้ลูกสุกรท้องเสีย
ลูกสุกรก่อนหย่านม
Rotavirus และ PED เป็นไวรัสที่มีบทบาทในการทำให้ลูกสุกรในระยะนี้เกิดอาการท้องเสียได้ ซึ่งการติดเชื้อมักจะเกิดขึ้นในลูกสุกรที่ได้รับนมน้ำเหลืองไม่เพียงพอและเมื่อแอนติบอดี้หรือภูมิคุ้มกันลดลงเมื่ออายุประมาณ 2 สัปดาห์ ไวรัสจะเข้าสู่ร่างกายได้ง่าย ส่งผลให้เซลล์ลำไส้อักเสบและการดูดซึมสารอาหารจะลดลงในลำดับต่อมาก อาการของโรคมักจะดีขึ้นภายในระยะเวลาประมาณ 7 วัน
ลูกสุกรหลังหย่านม
ในระยะที่เริ่มหย่านม ลูกสุกรจะต้องมีการปรับเปลี่ยนอาหาร จะมีสารอาหารบางชนิดที่ลูกสุกรยังย่อยได้ไม่ดี และในขณะเดียวกัน แอนติบอดี้หรือภูมิคุ้มกันที่ได้รับจากนมน้ำเหลืองก็จะเริ่มหมดลงด้วย ปัจจัยการเปลี่ยนแปลงต่างๆ ส่งผลให้เชื้อแบคทีเรีย E.coli เพิ่มสูงขึ้นและนำไปสู่อาการท้องเสียได้ นอกจากนี้ เชื้อแบคทีเรีย Campylobacters และ Salmonella และโปรโตซัวอย่าง Cryptosporidium ก็เป็นสาเหตุที่ทำให้เกิดอาการท้องเสียในลูกสุกรระยะนี้ได้เหมือนกัน